专业概念不同
MEM是工程管理硕士，课程是按照工程和管理学科相结合的原则来设置，培养学生掌握现代管理理论与方法，以及相关工程领域的专门知识，提升学生独立担负工程管理工作的能力，以及计划、组织、协调和决策能力，使学生成为高层次、应用型的工程管理专门人才。
MBA是工商管理硕士，专业基础宽而广泛，课程包括了经济学、管理学等很多科目，培养能够胜任工商企业、各大公司、以及经济管理部门高层管理工作需要的务实型、复合型、应用型管理人才。
职业发展方向不同
MEM的职业发展方向有：工程建设项目实施中的管理；新产品、设备、装备在开发、制造、生产过程中的管理；技术创新、技术改造、转型、转轨、与国际接轨的管理；产业、工程和科技的重大布局与发展战略的研究管理。
MBA的职业发展方向有：企业管理、市场营销、人力资源、财务管理、会计和企业投资、金融管理等，该专业的就业范围和就业面比较广泛。
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